Kaplice w dolnej Bazylice 

W dolnej części Bazyliki znajduje się pięć kaplic. Ich wystrój jest darem Kościołów z różnych europejskich krajów.

KAPLICA KRZYŻA ŚWIĘTEGO (NIEMIECKA)

Pierwsza po lewej to kaplica Krzyża Świętego. Jej wystrój to dar arcybiskupa Kolonii, kard. Joachima Meisnera. Główny akcent wnętrza stanowi krzyż z koroną cierniową oraz brązowa rzeźba św. Teresy Benedykty od Krzyża (Edith Stein). Na obu bocznych ścianach kaplicy znajduje się 15 stacji Drogi Krzyżowej, które zgodnie z wezwaniem papieża Jana Pawła II w duchu aggiornamento ukazują nam przeniesioną tu i teraz mękę Pana Jezusa. Uzupełnieniem wystroju kaplicy jest krzyż TAU oraz bogato rzeźbiony paschał i świeczniki. 

Kaplica została poświęcona 31 lipca 2011 roku przez arcybiskupa metropolitę Kolonii, kard. Joachima Meisnera oraz arcybiskupa-seniora Krakowa, kard. Franciszka Macharskiego.

KAPLICA MATKI BOŻEJ BOLESNEJ (SŁOWACKA)

Wystrój kaplicy, którą zaprojektował Marian Sitarczyk, jest darem Kościoła słowackiego. Ukazuje on udział Maryi w tajemnicy życia, męki i zmartwychwstania Chrystusa, w której Boże miłosierdzie znajduje swe źródło życia i świętości.

W centralnym miejscu kaplicy znajdują się Pieta, trawertynowy ołtarz, relikwiarz w kształcie zarysu mapy Słowacji oraz krzyż i ambona. Na ścianach umieszczono freski ukazujące siedem boleści Matki Bożej, które opowiadają o:

• ofiarowaniu Pana Jezusa w Świątyni Jerozolimskiej, kiedy to prorok Symeon zapowiedział Maryi, że Jej duszę przeniknie miecz boleści;
• ucieczce Świętej Rodziny przed Herodem do Egiptu;
• zagubieniu Jezusa i poszukiwaniu Go przez Maryję i Józefa;
• spotkaniu na Drodze Krzyżowej;
• męce i śmierci Pana Jezusa;
• zdjęciu z krzyża;
• złożeniu Pana Jezusa do grobu. 

Na ścianie znajdują się także słowa z Magnificat w liturgicznych językach Kościoła: staro-cerkiewno-słowiańskim, łacińskim, greckim i hebrajskim, o których przypominają Apostołowie Słowian, Patronowie Europy, święci Cyryl i Metody.

Przeszklona ściana za ołtarzem pokryta jest grafiką przedstawiającą złożenie do grobu oraz zmartwychwstanie Pana Jezusa. Jest tam też w kilku językach wers z Ewangelii św. Mateusza: „Nie ma Go tu. Zmartwychwstał” (Mt 28,6). 

Uroczyste poświęcenie kaplicy przez przewodniczącego Episkopatu Słowacji, bp. Franciszka Tondrę, władykę Jana Babjaka, arcybiskupa greckokatolickiego Preszowa, oraz metropolitę krakowskiego, kard. Stanisława Dziwisza nastąpiło podczas Narodowej Pielgrzymki Słowackiej 19 kwietnia 2008 roku.

KAPLICA ŚWIĘTEJ FAUSTYNY (WŁOSKA)

W dolnej części Bazyliki centralnie umiejscowiona jest kaplica pw. Świętej Siostry Faustyny – dar Episkopatu Włoch. Została ona przygotowana na setną rocznicę urodzin Apostołki Bożego Miłosierdzia. Jej poświęcenie miało miejsce 27 sierpnia 2005 roku, w setną rocznicę chrztu Faustyny Kowalskiej. Aktu tego dokonał przewodniczący Episkopatu Włoch, kard. Camillo Ruini w obecności kard. Stanisława Dziwisza, ówczesnego metropolity krakowskiego.

W kaplicy włoskiej przechowywany jest na stałe Najświętszy Sakrament. Za ołtarzem, który stanowi niejako serce kaplicy, znajduje się tabernakulum w kształcie rozwijającego się kwiatu. To nawiązanie do słów z Dzienniczka Siostry Faustyny, że „miłość Boża jest kwiatem, a miłosierdzie owocem” (Dz 949).

Nad tabernakulum znajduje się obraz św. Siostry Faustyny z Dzienniczkiem namalowany przez Jana Chrząszcza. Został on wpisany w nastawę ołtarzową w kształcie otwartej księgi, która symbolizuje pisany przez nią Dzienniczek.

Przed ołtarzem jest cząstka relikwii św. Siostry Faustyny umieszczona w relikwiarzu w kształcie róży.  Ołtarz, ambona i podstawa relikwiarza wykonane są z jasnego trawertynu, ściany wyłożono płytami z polskiego piaskowca, posadzka ułożona promieniście nawiązuje do górnej części Bazyliki, a w swej wymowie ideowej – do promieni na obrazie Jezusa Miłosiernego będących symbolem wszelkich łask. Kaplica zwieńczona jest kopułą. 

KAPLICA ŚW. ANDRZEJA (GRECKOKATOLICKA)

Po wyjściu z kaplicy włoskiej natrafiamy na Kaplicę św. Andrzeja Apostoła, która jest darem Kościoła obrządku greckokatolickiego z Polski i Ukrainy. Została ona poświęcona 24 czerwca 2007 roku – w uroczystości wziął udział kard. Stanisław Dziwisz oraz abp Jan Martyniak, metropolita przemysko-warszawski oraz wielu hierarchów obydwu obrządków Kościoła greckokatolickiego i rzymskiego.

Obok ikonostasu z wizerunkiem św. Andrzeja, patrona Kościoła wschodniego, w kaplicy tej znajduje się bogata polichromia w duchu wschodniej tradycji, zawierająca podstawowe elementy kanonu ikonograficznego oraz wpisująca weń przesłanie dotyczące dziejów Kościoła ukraińskiego, w tym dziękczynienie za tysiącletnie trwanie, za okupione krwią męczenników przetrwanie okresu prześladowań i terroru XX wieku, a także za jego obecne odrodzenie.

Kompozycje malarskie znajdujące się w tej kaplicy to: Sobór Bogurodzicy, Chrzest Rusi Kijowskiej oraz Chrystus Acheiropoietos (Mandylion, Chusta Abgara).  Ikonostas w kaplicy wykonany został przez lwowskiego artystę prof. Lubomira Ledwyda. Malowidła zdobiące ściany kaplicy wykonali artyści z Przemyśla: Małgorzata Dawidiuk i Timur Karin.

Po lewej stronie króluje kijowski wizerunek Matki Bożej Peczerskiej, a otacza go rzesza około pięćdziesięciu świętych, m.in. święci Cyryl i Metody oraz męczennicy prześladowań w byłym ZSRR. Po prawej stronie widzimy chrzest Rusi Kijowskiej. To historyczne wydarzenie połączone jest ze współczesnością, artyści namalowali bowiem Sługi Boże Kościoła wschodniego wraz ze św. Janem Pawłem II. Znajduje się tam także obraz cerkwi św. Jura ze Lwowa i Bazyliki św. Piotra w Watykanie, co wskazuje na łączność Kościołów obrządku wschodniego i zachodniego. Kolejne malowidło umieszczone nad wejściem to mandylion – w jego centrum znajduje się miłosierne oblicze Pana Jezusa.

KAPLICA COMMUNIO SANCTORUM (WĘGIERSKA)

Ostatnia kaplica to Communio Sanctorum – dar Kościoła węgierskiego. Została poświęcona w 2004 roku przez Prymasa Węgier – kard. Pétera Erdő oraz kard. Franciszka Macharskiego. Projekt wystroju kaplicy przygotował i zrealizował w czasie rocznego pobytu w Łagiewnikach greckokatolicki kapłan, malarz artysta – László Puskás wraz z żoną Nadią. Projekt został zaczerpnięty z ikonografii wczesnochrześcijańskiej – wówczas w samym centrum umieszczano Chrystusa, po prawej stronie Bogurodzicę, a po lewej św. Jana Chrzciciela lub innego świętego ważnego dla danego miejsca.

W kaplicy Communio Sanctorum nad marmurowym ołtarzem znajduje się wykonana na podkładzie z drewna lipowego mozaika Jezusa Miłosiernego ze św. Siostrą Faustyną zasłuchaną w Jego słowa, a w otoku w wielu językach wypisane są słowa: „Jezu, ufam Tobie”. Przed ołtarzem w relikwiarzu w kształcie prawej ręki złożono cząstkę relikwii św. Stefana, króla Węgier.

Ściany boczne kaplicy zdobią przepiękne mozaiki ukazujące ponad 60 świętych i błogosławionych z Węgier, Polski i innych krajów europejskich, którzy zapisali najpiękniejsze karty w historii Kościoła. Pochodowi świętych przewodzi Maryja, Matka Boża, a towarzyszy tekst ośmiu błogosławieństw z Kazania na Górze, które stanowią swoisty komentarz do ich życia.